si, è decisamente più facile modificare un pò il codice a mano che fare un applicativo del genere da zero!
Per il fatto windows/linux fai benissimo a "impiantare" piano piano i software che poi andranno ad usare sotto linux facendo fare a tutti un passaggio graduale, fra qualche tempo non saranno più in grado di usare i software "chiusi" e vorranno installare anche a casa i corrisondenti open :D
Se devi fare un interfaccia esterna alla quale anche gli utenti estranei all'azienda potranno accedere più che il php nudo e crudo ti consiglierei qualcosa tipo AJAX (guarda qualche esempio qui:
http://devsnippets.com/article/10-best-sources-of-ajaxjavascript-examples-and-demos.html ) o anche Java,basandoti sul database del gestionale, così facendo dovrai solo integrare il tuo nuovo lavoro con quello già testato dalla comunità..
i file di excel con php sono molto semplici da gestire, ci sono anche delle classi apposite (phpexcelreader) le quali hanno funzioni di gestione dei file che coprono il 90% dei casi d'uso :)