contar un campo relacionando 3 tablas

[clemen olivares]

hola que tal a todos,
necesito su orientacion en esta consulta que realizo a mi base,
yo quiero obtener apartir de 3 tablas lo siguiente

en una tengo
mysql> DESCRIBE l_Contig;
+-----------------+
| Field |
+-----------------+
| proy_contig |
| id_contig |
| l_length_contig |
| l_isogrupo |
| l_status |
| l_seq_contig |
+-----------------+

otra

mysql> DESCRIBE l_Status_assembled;
+-------------------+
| Field |
+-------------------+
| proy_st_ass |
| id_seq_readstatus |
| l_readstatus |
| l_contig5 |
| l_contig3 |
+-------------------+

y:


mysql> DESCRIBE l_Transcriptoma;
+--------------+
| Field |
+--------------+
| proy_trans |
| id_seq_trans |
| l_longitud |
| l_lib_trans |
| l_seq_trans |
+--------------+


a lo cual yo quiero obtener apartir de mi id_contig(este valor se puede repetir varias veces en la siguientes columnas--->) si aparecen en l_contig5 OR en l_contig3, de esa sentencia quiero contar cuantas bajo esa condicion son las pertenecen a id_seq_readstatus(estos valores son unicos) y me daria un total de lo que tengo bajo la primicia de id_seq_readstatus y esta la ligo a l_transcriptoma porque necesito otro dato que se almacena en l_lib_trans, por supuesto lo que me interesa saber es que con respecto al campo l_isogrupo cuantos id_seq_readstatus tengo realmente (bajo la condicion del OR) y bajo esta primicia realice la siguiente consulta pero me imprime solo el primer valor que coincide con mi OR y quien sabe que me cuenta y me infla el valor yo quiero que me coloque todos los isogroup con todas sus id_seq_readstatus y el total de ellas mas su libreria de cada una podrian orientarme gracias



CONSULTA:

mysql> SELECT Contig.l_isogrupo, assembled.id_seq_readstatus,count(id_seq_readstatus), Trans.l_lib_trans FROM ((l_Contig Contig INNER JOIN l_Status_assembled assembled ON Contig.id_contig=assembled.l_contig5 OR Contig.id_contig=assembled.l_contig3) INNER JOIN l_Transcriptoma Trans ON assembled.id_seq_readstatus=Trans.id_seq_trans) GROUP BY Contig.l_isogrupo INTO OUTFILE '/tmp/consulta5.txt' FIELDS TERMINATED BY ',';Query OK, 1933 rows affected (12 min 47.15 sec)



SALIDA

isogroup00001,GPJFHIG01EVGSQ,4922,1
isogroup00002,GPJFHIG01A9LK0,339,1
isogroup00003,GPJFHIG01CDL5X,64074,1
isogroup00004,GPJFHIG01BH6WD,43801,1
isogroup00005,GPJFHIG01AE7RF,8442,1
isogroup00006,GPJFHIG01AN7BW,5208,1
isogroup00007,GPJFHIG01DZ7EC,3938,1