Copia de seguridad haciendo un tar.gz

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Hola,
estoy probando a hacer una copia de seguridad haciendo un tar.gz del directorio de una base de datos concreta, pero cuando lo descomprimo en otra base de datos me pasa que no tienen el el mismo número de registros.

Explico el caso con más detalle.
Tengo un entorno de desarrollo con la bbdd XXX y un entorno de producción con la misma base de datos y lo que quiero hacer es volcar la de producción en desarrollo. Ya sé que lo puedo hacer con mysqldump pero quiero probar a hacerlo copiando los directorios, si es que se puede.

Pues bien lo que he hecho es:
- hacer un tar.gz del directorio de esa base de datos en producción
cd /var/lib/mysql
tar cvf /tmp/XXX.tar XXX
gzip -c /tmp/XXX.tar > /tmp/XXX.tar.gz
- copiarlo la máquina de desarrollo
- en la máquina de desarrollo renombrar el /var/lib/mysql/XXX a /var/lib/mysql/_XXX
- descomprimir en la de desarrollo
cd /var/lib/mysql
tar zxvf /tmp/XXX.tar.gz

Pues bien, haciendo esto me pasa una cosa un poco rara y es que las tablas en desarrollo al principio tenían el mismo número de registros que la antigua que había en desarrollo, no los de producción.
He ejecutado "RESET QUERY CACHE" por si estuviera algo cacheado y entonces ahora el número de registros de una de las tablas sí coincide pero no de las otras dos.
También he probado a reiniciar el mysql y nada

¿Qué estoy haciendo mal?

Datos extra:
- la versión de mysql es la 5.0.51
- la tabla que muestra el número de registros correcto es de tipo MyISAM. Las que no son de tipo InnoDB
- en todo el proceso no he parado los mysql y no me guararía tener que hacerlo, por lo menos el de producción

Muchas gracias de antemano