Allora, è necessario avere molto più informazione della tua server.
In generale questo problema significa uno dei tre cose:
1. C'è qualche configurazione che ti puoi aiuta o query da fissare
2. C'è qualche limita fisica della tua server
3. Sei al limito della capacita di tua database
CPU al 100% è completamente normale se mysql sta processando 8000 query al secondo, or qualcosa come quello.
Cose da provare prima:
1. usa la slow-query-log con un tempo piccolo piccolo e vedere se ci siano delle query da migliorare
2. prova questi programmi:
http://hackmysql.com/mysqlreport http://blog.mysqltuner.com/download/
Se non riesci ad trovare la causa, mettere più informazione qui, e provo ad aiutarti:
1. risulta del mysqlreport & mysqltuner
2. SHOW ENGINE INNODB STATUS \G
3. risulta di "iostat -x 10 3"
4 risulta di "vmstat -S M 10 3"