Dans la partie [mysqld] de ton fichier my.ini, tu peux activer les logs comme ceci, exemple extrait de ma machine locale :
# Configuration des logs
log = log.log # log de toutes les requêtes exécutées;
log_error = error.log # Log des erreurs d'exécution
log-slow-queries = slow.log # Log des requêtes lentes
log-queries-not-using-indexes = no_index.log # Log des requêtes n'utilisant pas d'index
Le simple fait d'indiquer ces valeurs active le log correspondant. Pour les désactiver ensuite, il suffira de commenter la ligne et de redémarrer le serveur.
Ces logs seront écrits au même endroit où se trouvent déjà les données du serveur, sous windows dans un endroit qui devrait être du type C:\Program Files\MySQL\Server5.5\datas\
Mais attention avec le log de requêtes indiqué plus haut log.log : ça va obligatoirement ralentir un peu le système, l'idée étant de n'utiliser ça qu'en développement/débogage le temps de toruver le problème.
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Une question bien formulée, c'est un problème bien compris : ça représente déjà les 3/4 de la réponse ;)