No he entendido bien lo que quieres hacer, pero si deseas que un procedimiento se ejecute periódicamente, puedes utilizar el cron en Unix. Consulta las siguientes páginas de manual en tu sistema Unix o GNU:
man 5 crontab
man 1 crontab
(En sistemas cerrados existen otras formas, aunque menos cómodas, de hacer algo parecido.)
Deberás crear un script con las operaciones para realizar (ya sea en PHP/Python/Perl/etc., conectándose a la BD, en SQL como entrada estándar para el comando mysql, o en un procedimiento almacenado de MySQL que luego ejecutas con mysql -e "CALL MiProc()"), y programar su ejecución como desees. Si lo que necesitas hacer debe escribir en archivos externos, lo mejor es que crees un script en tu lenguaje favorito (PHP, Python, ...) que se conecta a la BD y hace las operaciones.
Otra posibilidad es utilizar los eventos en MySQL 5.1; consulta el manual aquí:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/events.html
Para ello necesitarás MySQL 5.1, actualmente en beta. Es una forma de realizarlo independiente de la plataforma, pero puede ser menos cómoda de cara a la administración (los eventos están aparte de los eventos estándares del sistema) y estás limitado al lenguaje de procedimientos almacenados de MySQL.
Un saludo,
Miguel Pérez
Afina Sistemas - Partner de MySQL en España