Hola Marcos.
Es bastante raro tu caso, veamos si te podemos ayudar:
1.- Postea el contenido de tu archivo my.ini
2.- Chequea el espacio disponible en disco duro en donde se encuentra ibdata1
3.- Cuando reinstalas Mysql-Server ¿Pierdes la data o se mantiene?
4.- Deten el servicio de mysql - Elimina los archivos ib_logfile1 y ib_logfile2 - Inicia nuevamente Mysql... Quizás esto solvente el problema de raíz.
5.- ¿Cada cuánto te pasa esto?
6.- ¿Cuantas DB, tablas, campos, registros tienes en el(los) servidor(es) que falla(n)?
7.- ¿Cuánto pesan ibdata1, ib_logfile1 y ib_logfile2?
Cualquier otro data que puedas aportar es bienvenido.
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Ing. Jesús Alfredo Uzcanga
Twitter: @JesusUzcanga
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