Daniel es muy raro, sin embargo no parece ser problema de mysql server como indicas en el enunciado.
Yo realizaría 2 pruebas para descartar.
1.- Descartar problemas con el DRIVER de conexión (por ejemplo driver ODBC), para esto trata de conectarte con una aplicación que se conecte de forma nativa (Consola de Mysql-client, Mysql-Front, etc).
2.- Descartar problemas con el equipo desde el cual te estás conectando. Para esto prueba la conexión desde otro PC con todos los sistemas funcionando bien y si es posible las aplicaciones recién instaladas.
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Ing. Jesús Alfredo Uzcanga
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