Adilson, es un poco subjetivo darte una solución definitiva ya que hacen falta muchos datos para poder evaluar y realizar una optimización.
Lo primero que deben analizar es si tu servidor o el servicio de mysql server está bien configurado. Esto es el arte del "mysql performance tuning" Y esto depende de tu sistema operativo (Plataforma Microsoft y UNIX/LINUX) y obviamente de los recursos de hardware con los que cuenta dicho servidor.
Una vez seguro de que tu servidor y el servicio o demonio es óptimo se puede pasar a la fase de entonación de las tablas individuales a través de la creación de índices o "mysql index table"
Espero que te sirva como guía inicial para perfeccionar tu rendimiento.
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Ing. Jesús Alfredo Uzcanga
Twitter: @JesusUzcanga
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