Juan.
Lo más importante aquí sería el campo o los campos llave (key).
En teoría si utilizas un key numérico autoincremental deberías tener los números 1, 2, 3, 4, 5, etc en la base de datos vieja y en la nueva también, por lo que si sacas los datos idénticos de la viaja a la nueva (o viceversa) te dará un error y no ingresará ningún datos.
Se me ocurre que puedes hacer lo siguiente si ese es el caso:
Saca los datos de la BD vieja y crealos en la BD nueva pero en otra tabla, es decir...
Si tu tabla en producción se llama TablaABC, crea una nueva tabla que se llame TablaABC2 y ahí inserta los datos de la BD vieja.
Luego ya puedes traspasar los datos utilizando las funciones INSERT INTO, SELECT y tomando en cuenta el id primario o llave de la tabla.
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Ing. Jesús Alfredo Uzcanga
Twitter: @JesusUzcanga
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