Error Code: 2013. Lost connection to MySQL server during query

[Mario Brenes]

Buenas,
Tengo el siguente problema, estoy ejecutando el siguiente query:
UPDATE GSA.tbl_transactional_ap_pot_kpi_fbl1n_calc AS tmpfbl1n
SET tmpfbl1n.creation_date_from_pm7 = (SELECT IFNULL((SELECT tmppm7.creation_date FROM GSA.tbl_transactional_ap_pot_kpi_pm7_calc AS tmppm7 WHERE tmppm7.concatenate_key = tmpfbl1n.concatenate_key ORDER BY tmppm7.id DESC LIMIT 1), '0000-00-00 00:00:00') AS tmpvresul)
WHERE tmpfbl1n.creation_date_from_pm7 is null;

Al momento de ejecutarlo el MySQL dura el tiempo definido de respuesta y una vez que se agota me mustra el siguiente mensaje:
Error Code: 2013. Lost connection to MySQL server during query

- Cambie los tiempos extendiendo mas el tiempo pero lo que sucede es que dura el tiempo que le definí en responder y de igual forma me retorna el mismo error. (Según resultados en busqueda en internet)

- Cambie la consulta por un Join: UPDATE GSA.tbl_transactional_ap_pot_kpi_fbl1n_calc tmpfbl1n
INNER JOIN GSA.tbl_transactional_ap_pot_kpi_pm7_calc tmppm7 ON tmppm7.concatenate_key = tmpfbl1n.concatenate_key
SET tmpfbl1n.creation_date_from_pm7 = tmppm7.creation_date
WHERE tmpfbl1n.creation_date_from_pm7 is null;
De igual forma me sigue mostrando el mismo error.

- La cantidad de lineas que esta tratando de actualizar son al rededor de 80mil pero aun haciendola con un filtro de 256 resultados me sigue mostrando el mismo error.

Alguien tiene alguna idea de donde esta el issue en el query?

Muchas gracias por su ayuda.