Perda de Dados

[D2sistemas Sistemas]

Boa tarde!
Utilizamos o Mysql em máquinas com Windows 7, 8.1 e 10, máquinas que geralmente abrigam um PDV(Frente de Caixa).
Estamos enfrentando muitos problemas de perda de dados. Geralmente há uma perda de alguns dias e acreditamos, não temos certeza, seja por causa de alguma restauração do Windows.

Há problema em restaurar o Windows, isto pode acarretar perda de dados?
Visto que muitas vezes o próprio Windows restaura automaticamente, há uma solução para este problema?

Utilizamos tabelas ENGINE=InnoDB;

Em pesquisas encontramos pessoas que alteram o innodb_file_per_table para 0 e que isso resolveria o problema.
Realmente resolve?
Esta modificação traria algum problema para segurança, robustez do banco?

Obrigado!