Premessa: in generale, MySQL non "droppa" il proprio database mysql di sua spontanea volontà , anche perché nell'istante un cui lo facesse, smetterebbe di funzionare, come hai ben notato... :-/
Nel malaugurato caso un cui succeda, esistono alcuni modi per ripristinarlo.
Il primo che mi viene in mente, consiste nel far finta di installare MySQL da capo, lanciando lo script che inizialmente crea il database mysql vergine: se hai installato MySQL in /usr/local/mysql/ dovresti riuscire a lanciare
# /usr/local/mysql/bin/mysql_install_db
Se non sai dove lo hai installato, puoi usare
# locate mysql_install_db
(se non lo hai mai usato, prima usa # updatedb ed attendi!)
[Riferimenti:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/unix-post-installation.html]
Nota che dopo aver lanciato mysql_install_db, hai un utente root SENZA PASSWORD.
Puoi quindi usare
# mysql -u root < mysql.sql
per importare il dump del database mysql dall'altro computer.
Un altro modo per connettersi come root senza preoccuparsi della password, consiste nel terminare mysqld e rilanciarlo con
# mysqld_safe --skip-grant-tables --user=root &
Qui
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/resetting-permissions.html trovi una procedura completa (cerca "In a Unix environment" per saltare le direttive per Windows)